El Padre José, según las Constituciones de la Compañía de Jesús, no podía continuar indefinidamente de Provincial. Pero era muy difícil encontrarle un sustituto. El mismo Visitador pensó informar sólo por escrito al Padre Aquaviva y quedarse, de Provincial, en el Brasil.
Finalmente, decidió embarcar en Bahía para Lisboa, camino de Roma. Piratas franceses lo secuestraron y llevaron hacia el Cantábrico. Allí lo dejaron en un bote, con otros viajeros, después de arrojar al mar todos sus libros y documentos. Arribado casi milagrosamente a un puertecito de Vizcaya, volvió caminando a Lisboa. El que si se quedó en la Misión fue su Secretario el Padre Cardim, que llegó a ser Provincial después de la muerte de Anchieta.
El nuevo y sexto Provincial, Marcial Beliarte, lisboeta, había ejercido la docencia en Coimbra y Évora. Era un gran profesor amante de los libros. Renovó la Biblioteca del Colegio de Bahía. Como Superior, se revistió de cierto boato que no se correspondía con la pobreza absoluta de su predecesor. El Padre Anchieta procuró, sin embargo, suavizar la situación con su simpatía y prudencia.
Un gran servicio prestó el nuevo Provincial al Brasil. Consiguió licencia del P. General para que se publicase en Coimbra la Gramática y los Catecismos del Padre Anchieta, que se usaban en desgastados, aunque preciosos, manuscritos. La censura y aprobación de la obra corrió a cargo del sacerdote brasileño Agustín Ribeiro, antiguo alumno del Colegio de Bahía, que llegó a ser Obispo en las Azores. A la aprobación añadió el elogio:
Además de la satisfacción y edificación que hay por toda aquella costa de la gran virtud, religión y ejemplo del Autor, de que siempre daré testimonio...
La Gramática fue impresa en 1595. Con las dificultades de la navegación, es posible que ni siquiera llegara a manos del Padre Anchieta el primer ejemplar. Tampoco se apreció su gran valor científico hasta que la escuela lingüística de Leipzig la publicó varias veces en el siglo pasado. La última edición de esta Gramática se encuentra en el volumen 11 de Monumenta Anchietana (Sao Paulo, 1990).
El Provincial Beliarte tuvo también la mala suerte de ser secuestrado por piratas ingleses y hubo de ser rescatado a buen precio. Por ese motivo encomendó la visita de San Vicente al Padre José, que pudo despedirse por última vez de su amado y fidelísimo Sur.
Vuelto a Vitoria, se dedica preferentemente a enseñar a los indios. Pero siempre “suaviter”. Alegrándolos. Como aconsejaban los clásicos latinos: “docere delectando”
(enseñar deleitando). Son de esta época muchas de las canciones y obras teatrales que se
han conservado, no pocas autógrafas. Como el “Auto de la Asunción”, cuando llegó su imagen a Reritiba en 1590. Lo escribió todo en tupí y de su propia mano. Insertado en la vida de la aldea, en la última estrofa se invita a rezar por el Padre Diego Fernández que se encontraba enfermo.
Asiste a sus fiestas y juegos. Como el del pato. Salen dos a perseguir a un pato. Será del primero que lo atrape. Parece que los dos lo han cogido al mismo tiempo. Uno por el cuello y otro por la cola. Acuden al Padre José como árbitro. Hay allí un niño mudo de cinco años llamado Esteban y a él le pregunta el Padre: -Ha sido éste, responde, pero yo lo quiero para mi madre... ¿Milagro?
Como el lisiado que había venido con otros indios del sertón, sirviéndose de manos y pies. Los indios saludan de pie al misionero, uno por uno. El lisiado no puede hacerlo.
-Toma mi bordón y levántate... “Tomando el dicho indio el bordón, se levantó y comenzó a andar de pie, como después siempre anduvo...”, se lee en los procesos.