El “aldeamiento” fue la primera preocupación de Nóbrega. Si no aceptaban voluntariamente los indios reunirse en aldeas estables, resultaba imposible la catequesis. El Gobernador Mem de Sá colaboró eficazmente en esta empresa y en su complemento esencial, la pacificación. Algunos colonos preferían que los indígenas perseverasen en su nomadismo y luchas tribales. Los jesuitas se mantuvieron firmes y consiguieron de los monarcas portugueses leyes justas, que defendiesen ante todo el más absoluto respeto a la libertad y autogobierno de los indios en sus aldeas.
Hasta 50 y más leguas se adentraban en el interior los Padres, con algunos indios amigos, atravesando selvas y cruzando ríos, entre peligros inverosímiles, para “reducir” a las “aldeas” a tribus de 200, 500 o 1000 indígenas.
Al verse Provincial, fue ésa la primera preocupación del Padre José: consolidar las aldeas y fundar otras nuevas. Por ejemplo en la Capitanía de Espíritu Santo, en cuya capital, Vitoria, reposarían sus restos, fundó la de Reritiba, donde murió el 9 de junio de 1597, cuando dicha aldea contaba con más de 3000 indios y todos eran cristianos.
Las visitaba con frecuencia y para ellas rehizo, con las variantes oportunas, el Auto de Navidad, que ya conocemos, y otras muchas composiciones con letra sencilla y música alegre que los entusiasmaban, haciéndoles olvidar la antropofagia y sus antiguas guerras tribales.